Beim Zusammenschluss des unteren und des oberen Frenkentals, wo das Bad Bubendorf liegt, entwickelte sich an der Strasse über den Oberen Hauenstein eine kleine spätrömische Siedlung, insbesondere ein Strassenheiligtum mit Jupitersäule. Im Frühmittelalter folgten hier Steinkistengräber. Wohl durch Schenkung des Königs kam die Siedlung Bubendorf im Mittelalter an die Froburger und von diesen an den Bischof von Basel. Das Dorf entwickelte sich rund um den Dinghof im heutigen Unterdorf. Neben dem Dinghof stand die Mühle mit der Säge, davor der erste laufende Brunnen des Dorfes. Der Kastanienbaum steht an der Stelle der einstigen Gerichtslinde, des «Königsbaums». 1400 gelangte das Dorf mit dem ganzen Waldenburger Amt an die Stadt Basel. Vor allem im 17. Jahrhundert diente die als «Königsbrunnen» schon lange bekannte Quelle als Heilbad. Hier, im Bad Bubendorf, nahm die Bewegung gegen die Stadt Basel 1830 mit ersten Volksversammlungen ihren Anfang, während das Dorf noch lange der Stadt treu blieb. Erst am 3. August 1833 stellte sich Bubendorf auf die Seite der Landschaft.